Обволакивающий и трепетный тембр Магдалены идеально подходит для исполнения барочных арий — и, действительно, «ранняя» и пред-классическая музыка составляет весомую часть репертуара чешской певицы. С не меньшим блеском Кожене, однако, удается Равель и Малер («Волшебный рог мальчика» последнего она записала под началом Пьера Булеза) и сверкать на оперной сцене — в таких ролях, как Мелизанда у Дебюсси. Некоторые из числа своих лучших записей Кожена сделала на пару с мужем — дирижером сэром Саймоном Рэттлом.